Вы можете использовать функцию преобразования XML с любым файлом XML - мы делаем это постоянно.Это доступно через задачу MSBuild.
Попробуйте добавить следующее в ваш скрипт сборки:
<UsingTask TaskName="TransformXml"
AssemblyFile="$(MSBuildExtensionsPath)\Microsoft\VisualStudio\v10.0\Web\Microsoft.Web.Publishing.Tasks.dll"/>
<TransformXml Source="Path\To\Your\Xml.config"
Transform="Path\To\Your\Xml.$(Configuration).config"
Destination="Path\To\Your\Output.config" />