Конечно.
Входной поток может поступать из ресурса (то есть по пути к классам). Байтами можно манипулировать по мере необходимости.
См. в этом посте для примера загрузки JAR из каталога. Ваша версия была бы почти идентична, за исключением того, откуда изначально были получены байты, и с дополнительным шагом преобразования.
Если кого-то интересует ваш код, он либо просто а) перепроектирует ваш загрузчик классов, либо б) просто использует ваш загрузчик классов как есть, и не будет беспокоиться об обратном инжиниринге зашифрованного кода ... но удачи в любом случае:)