Длинный выстрел!Попробуйте очистить Eclipse, затем создайте свои проекты.Начиная с проекта, в котором есть файлы классов, необходимые позже в следующей компиляции.
Чаще всего eclipse портит ваш проект, и вам приходится прибегать к странным методам, таким как описанный выше.Нередко нас заставляют создавать новое рабочее пространство и импортировать туда свой проект, а затем он снова начинает работать волшебным образом.
Посмотрите, действительно ли ваш файл .java из проекта, от которого у вас есть зависимости, действительно компилируется и создает.class файл в нужной папке, указанной в сообщении об ошибке из другого проекта.