Ваш вопрос мне не очень понятен. Но из того, что я понимаю, я чувствую, что jMeter может быть чем-то, что может помочь.
jMeter может тестировать не только веб-приложения (извне), но также и автономные Java-приложения.
Кроме того, не отклоняйте jMeter как инструмент тестирования производительности. В нем есть множество функций, которые делают его достаточно хорошим инструментом для функционального тестирования.