Вы можете создать очередь изображений для изменения размера и убедиться, что в каждый момент времени изменяется только x количество изображений. x будет зависеть от объема доступной памяти.
Если вы изменяете размеры изображений в реальном времени, как только они загружены, вы неизбежно столкнетесь с ситуацией, когда размеры изображений изменяются больше, чем может вместить ваша память, что может привести к сбою.
Вместо этого, когда изображение загружено, добавьте его в БД. Затем создайте PHP-скрипт, который получает x изображений из БД и создает новые процессы для каждого из этих изображений, чтобы изменить их размеры. Как и когда процесс сообщает о завершении родительскому элементу, родительский элемент удаляет запись изображения из очереди и извлекает другую. Стирать, ополаскивать, повторять.