Я не уверен, что полностью понимаю ваш вопрос, но нет требования, чтобы каждый коммит («снимок») включал каждый файл, который был в рабочем каталоге, когда он был создан.Возможно, ваш неотслеживаемый файл долгое время находился в вашем рабочем каталоге и просто никогда не был добавлен.