Вы можете определенно закрыть файлы других запущенных процессов, если у вас есть для этого разрешения.
Сначала найдите PID.
Затем запустите GDB и присоедините к процессу:
gdb -p 1598
Затем вызовите системный вызов close для fd, который вы хотите закрыть:
(gdb) call close(999)
$1 = 0
Если дескриптор файла был утечкой, то программа никогда не будет пытаться использовать его снова, и это не должно вызывать каких-либо проблем. Однако в программе, скорее всего, есть ошибка.