По умолчанию контекст jQuery будет текущим корнем документа, вы можете передать дескриптор дочернего окна в jQuery, и он будет искать его вместо этого
wopts = 'width=300,height=500,resizable=1,alwaysRaised=1,scrollbars=1';
childW = window.open('', 'childW', wopts);
$('#yourSelect', childW.document).val();
Это вернет массив, содержащий значение каждого выбранного параметра.