Какой формат хранилища ключей вы используете? Я считаю, что по умолчанию в конфигурации Tomcat используется JKS, но если вы используете PKCS # 12 (расширение .p12 или .pfx), вам нужно будет указать это.
Обратите внимание на keystoreType = "PKCS12".
<Connector port="1443"
maxThreads="200"
enableLookups="false" disableUploadTimeout="true"
acceptCount="100" debug="0" scheme="https" secure="true"
clientAuth="false" sslProtocol="TLS" SSLEnabled="true"
keystoreFile="/opt/companyName/tomcat.keystore"
keystoreType="PKCS12"
keystorePass="password"
ciphers="SSL_RSA_WITH_RC4_128_MD5,SSL_RSA_WITH_RC4_128_SHA,TLS_RSA_WITH_AES_128_CBC_SHA,TLS_DHE_RSA_WITH_AES_128_CBC_SHA,TLS_DHE_DSS_WITH_AES_128_CBC_SHA,SSL_RSA_WITH_3DES_EDE_CBC_SHA,SSL_DHE_RSA_WITH_3DES_EDE_CBC_SHA,SSL_DHE_DSS_WITH_3DES_EDE_CBC_SHA,TLS_RSA_WITH_AES_256_CBC_SHA,TLS_DHE_RSA_WITH_AES_256_CBC_SHA,TLS_DHE_DSS_WITH_AES_256_CBC_SHA"
URIEncoding="UTF-8"
/>