Если это два экземпляра одной и той же роли, и вы получаете доступ к этой роли через ее DNS-имя cloudapp.net (или какое-либо пользовательское DNS-имя, сопоставленное с cloudapp.net), то балансировщик нагрузки позаботится об этом за вас;нет возможности настроить его.Вы увидите трафик в обоих экземплярах.
Если это два экземпляра одной роли, но вы получаете доступ к ним через внутренние конечные точки, вы сами должны выбрать, с каким экземпляром обращаться.
Если два экземпляра распределены по двум разным ролям, балансировка нагрузки не вступает в игру, поскольку у вас есть только один экземпляр каждой роли.