Не могли бы вы быть более точным относительно ваших ОС, потому что я думаю, что ответы могут сильно различаться в зависимости от этого.
Если это окно Windows, я бы порекомендовал использовать robocopy, который может обрабатывать повторы, зеркалирование, ограничение скорости и многое другое. Вы можете найти его здесь