Хранит ли Stack ссылку на объект?
Да, он работает как любой другой контейнер Java, например Vector.
Если так, как я могу держать менеджеров в стеке?
Не уверен, о чем ты говоришь. После того, как вы положили Object в контейнер, Object уже хранится в контейнере.
Вероятно, скажите, чего вы пытаетесь достичь, поставив менеджеров в Stack.