Я использую NTEmacs, и поэтому этот трюк будет работать на всех emacs. Просто установите заголовки кадров в соответствии с именем буфера, чтобы отличать их друг от друга. Это будет отражено в Alt-Tab. Это может не работать, если открытые буферы имеют одно и то же имя.
Поместите следующее в ваш .emacs
;; format the title-bar to always include the buffer name
(setq frame-title-format "emacs - %b")
(setq icon-title-format "emacs - %b")