Это, вероятно, означает, что у mysql deamon нет прав на запись в каталог данных.
Даже если вы запустите mysqld_safe от имени root, mysqld deamon, вероятно, (в зависимости от конфигурации) запустится как пользователь без полномочий root (например, mysql).Этот пользователь должен иметь права на чтение и запись в различные каталоги, включая каталог данных, каталог журналов, каталог запуска и т. Д. *