При создании мульти-фреймворкового пакета для Nuget необходимо разделить библиотеку по целевому фреймворку. Например:
Где найти полный список тегов фреймворка?
http://docs.nuget.org/docs/creating-packages/creating-and-publishing-a-package#Supporting_Multiple_.NET_Framework_Versions_and_Profiles
Хотя в нем отсутствует .net micro Framework.Я обновлю документы