Нет, заметной разницы между View XIB и Empty XIB с перетаскиванием пользовательского просмотра нет.
Изначально в View XIB нет соединений, поэтому нет соединений для "римейка".
То, что вы описываете, будет работать нормально, нет никакой разницы между этим и созданием View XIB, удалением представления и продолжением с шага 2.
На самом деле вы можете открыть .xib файлы в BBEdit и сравнить их, чтобы увидеть тривиальные различия между XML.