Я думаю, что для этого было бы лучше использовать расширение DOM , а не SimpleXML. Насколько мне известно, SimpleXML не позволяет легко сохранять изменения обратно в файл (по крайней мере, без использования DOM).
Получив ссылку на DOMNode, который вы хотите переместить, вы можете сначала удалить его:
$node = $node->parentNode->removeChild($node);
Затем поместите его перед другим узлом:
$node = $otherNode->insertBefore($node);
Это, вероятно, не достаточно подробный ответ - пожалуйста, не могли бы вы добавить больше информации о том, чего именно вы пытаетесь достичь?