Я делаю то же самое, кладя пустой git-репозиторий на карту памяти и клонирую его на все машины для разработки.
Поскольку репозитории на машинах разработки клонируются из репозитория на флешке, их «источник» будет указывать на карту памяти. Поэтому все, что я должен делать, когда прыгаю с одной машины разработки на другую, это
<insert memory stick>
cd <work_directory_on_harddisk>
git pull
...write code
git push
<remove memory stick>
и я закончил.
Что приятно в этом, так это то, что даже если вы забудете флешку или забудете синхронизировать и в конечном итоге работать с устаревшим каталогом, вы сможете легко распутать его со всей мощью git.