К сожалению, я не думаю, что есть простой способ сделать это. Пользовательские инструменты сборки запускаются только из VS.NET - они не запускаются при сборке проекта с использованием MSBuild из командной строки.
В общем, если у вас есть выбор написания инструмента сборки в качестве инструмента сборки клиента или задачи MSBuild, выбирайте задачу MSBuild каждый раз, так как эти задачи будут выполняться в VS.NET и из командной строки.
Для поддержки вашего кода существуют файлы designer.cs для ресурсов. Они дают вам строго типизированный доступ к файлу ресурса. Таким образом, до тех пор, пока вы создаете свои инвариантные ресурсы культуры в VS.NET (и позволяете ему создавать файлы .designer.cs), добавление дополнительной языковой поддержки позднее (дополнительные файлы .resx) должно работать нормально.
Если, однако, ваши текстовые файлы являются вашими первичными файлами ресурсов, и вы сначала добавляете новые строки ресурсов в эти текстовые файлы, то вам нужно будет найти другой способ создания файлов .cs, которые позволят вам кодировать против эти ресурсы. Если бы вам пришлось это сделать, вы сами не сможете создать файл .designer.cs (или что-то подобное). Используя CodeDom или T4, вы можете создать вспомогательный класс, используя существующий файл .designer.cs в качестве шаблона.