Я бы пошел с веб-сервисами по нескольким причинам.
Во-первых:
Веб-сервисы - это широко распространенная технология, которая хорошо поддерживается многими языками программирования, поставщиками и средами.
Поддержка в Java и .NET очень хорошая.
Во-вторых:
Веб-сервисы были разработаны, чтобы быть независимыми от протокола, языка и структуры.
Зачем бороться с некоторыми другими технологиями, которые могут создавать новые проблемы, потому что они не предназначены для этого уровня взаимодействия.
Третье:
Веб-сервисы гибкие, они могут расти с вашими требованиями.
Представьте, что ваш босс придет завтра, требуя интеграции C ++ или даже приложения на Fortran.
Веб-сервисы могут справиться с этим, другие решения не могут.
Конечно, это только мое личное мнение, но я бы пошел с веб-сервисами.
Если вы хотите узнать больше, оформите JAX-WS для Java и MSDN для поддержки .NET.