«Добавить JAR» - для добавления файлов JAR, находящихся в вашем проекте. На них ссылаются относительно каталогов проекта.
«Добавить внешние JAR» - для добавления файлов JAR, которые находятся где-то еще в вашей файловой системе. На них ссылаются с абсолютными путями.