SciPy включает функции для чтения / записи разреженных матриц в формате MatrixMarket с помощью модуля scipy.io , включая mmwrite: http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.io.mmwrite.html
MatrixMarket не CSV, но близко. Он состоит из однострочного заголовка, который содержит #rows, #cols, # ненулевых, за которыми следует одна строка на ненулевой. Каждая из этих строк представляет собой индекс строки, индекс столбца, значение. Вы можете написать простой сценарий, который превращает пробелы в запятые, и вы получите CSV.