Я бы предложил вам использовать Java-технологии для реализации вашего алгоритма. Вы можете написать свой алгоритм в виде класса Java, который может вызываться из сервлета или JSP или даже любых других технологий по протоколу http. Основная причина, по которой я предлагаю использовать java:
1) он не зависит от платформы, поэтому ваш 1-й пункт:
- Реализация двоичного кода в соответствии с ОС.
Вам не нужно беспокоиться о том, какую операционную систему будет использовать клиент. И ее можно очень легко перенести на другие ОС.
и
2) это будет очень безопасно, после компиляции будет сгенерирован файл класса, который можно доставить. его нельзя открыть и просмотреть.