Если ваше приложение маленькое, и ему не нужно загружать много разных ресурсов во время выполнения, тогда можно запустить его по сети. Это может быть даже предпочтительнее, потому что если вы запускаете его по сети, код читается (загружается и загружается в память) один раз, в отличие от загрузки файла вручную, а затем запускается, что занимает 2 чтения кода. Например, вы можете запустить приложение виджета часов по сети.
С другой стороны, если ваше приложение действительно читает много ресурсов во время выполнения runtim, то запускать его по сети - абсолютно плохая идея, поскольку каждое чтение ресурса будет проходить по сети, что очень медленно. Например, вы, вероятно, не хотите запускать Eclipse по сети.
Еще один фактор, который необходимо учитывать, это количество одновременно работающих пользователей, которые будут одновременно получать доступ к приложению. Если их много, скопируйте приложение в локальное приложение и запустите оттуда.