Перейдите в папку phpMyAdmin (в моем случае это C: \ wamp \ apps \ phpmyadmin3.2.0.1). В файле config.inc.php измените строку
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config'
до
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'cookie'
Теперь пароль будет запрашиваться при первом посещении страницы phpMyAdmin