В этом случае вы пытаетесь получить доступ к домену, у которого нет улучшения jQuery.Вам нужно сначала загрузить jquery.js в этот документ.Если бы это было сделано, синтаксис был бы следующим:
var popup = window.open('/some/url.html');
popup.document.$('body').html('test');
Но будьте очень осторожны, в управлении несколькими документами и при общении возникает много ошибок и неудобств между многими различными версиями браузера и поставщиками.
Это действительнобудет лучше, если вы сохраните связь до абсолютного минимума и просто загрузите еще один полный HTML-файл во всплывающее окно.