У меня была похожая проблема при попытке удалить определенные куки. Иногда это работало:
document.cookie = name + '=;expires=Thu, 01 Jan 1970 00:00:01 GMT;path=/;';
... а иногда и нет.
Просмотрев Chrome Inspector (вкладка «Приложения» -> «Боковая панель хранилища» -> «Файлы cookie»), я заметил, что некоторые файлы cookie были установлены в разных доменах. Пример:
.mydoamin.com
sub.mydomain.com
Итак, мое решение состояло в том, чтобы создать универсальную функцию, которая удаляет cookie из всех доменов.
var deleteCookie = function(name) {
document.cookie = name + '=;expires=Thu, 01 Jan 1970 00:00:01 GMT;path=/;domain=.mydomain.com;';
document.cookie = name + '=;expires=Thu, 01 Jan 1970 00:00:01 GMT;path=/;domain=sub.mydomain.com;';
};