Это ваша проблема:
$ newArray [$ key] имеет значение null, поскольку $ newArray является пустым массивом и еще не имеет значений.
Вы можете заменить свой код на
array_push( $newArray, $value );
или вместо array_push использовать
$newArray[$key] = $value;
чтобы вы могли сохранить индекс своего ключа $.