Вам нужно будет использовать приложение-регистратор, например, так:
log4j.appender.MyFileAppender=org.apache.log4j.FileAppender
log4j.appender.MyFileAppender.File=logFileName.log
log4j.appender.MyFileAppender.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.MyFileAppender.layout.ConversionPattern=%-4r [%t] %-5p %c %x :: %m%n
Тогда в вашем log4j.rootLogger вы можете сделать
log4j.rootLogger = DEBUG, FILE, MyFileAppender
Это поместит вывод журнала в файлимя, указанное в log4j.appender.MyFileAppender.File = logFileName.log
Это необходимо добавить в ваши log4j.properties.
@ Edit:
Для Hibernate вам нужно следующее в ваших log4j.properties для определения категорий журнала гибернации
log4j.logger.org.hibernate=INFO, MyFileAppender
log4j.logger.org.hibernate.SQL=DEBUG
log4j.logger.org.hibernate.type=TRACE
log4j.logger.org.hibernate.hql.ast.AST=info
log4j.logger.org.hibernate.tool.hbm2ddl=warn
log4j.logger.org.hibernate.hql=debug
log4j.logger.org.hibernate.cache=info
log4j.logger.org.hibernate.jdbc=debug