Я думаю, что счетчик не в том месте.Однако это не делает пример более функциональным.
myClone = $('#template').clone();
myClone.attr("id", "template-" + counter);
//counter++;
myClone.appendTo("#placeholder");
$('#template-'+counter).page();
counter++;
Я не уверен, что это правильный подход - клонирование html после применения jquery mobile своих слушателей и форматирования.