Самыми популярными PHP-кодерами, которые я видел, были Zendguard и Ioncube. Ни один из них не особенно удивителен, но они есть то, что есть.
Между ними Ioncube имеет небольшое преимущество совместимости между PHP 5.2 и 5.3. (Zendguard требует, чтобы вы закодировали отдельные файлы для двух, что довольно неприятно.)