Я видел нечто похожее на это однажды. Оказалось, что это связано с тем, как IE настраивает автоматический вход в систему.
Я продолжал получать ошибки, связанные с сертификатом, в контроллере домена. Оказалось, что сертификат домена (или что-то подобное) устарел, и центр сертификации не был запущен. Итак, мы запустили центр сертификации и обновили доменные (?) Сертификаты. IE начал работать намного быстрее. Это было в старые дни IE7. Я не очень хорошо помню решение, но вы можете исследовать, что происходит в вашем домене, если он у вас есть.