Я не уверен, что это именно то, что вам нужно (например, мне непонятно, хотите ли вы понять, почему это происходит и как обойти это), но если вы просто хотите подавить ошибки, вы обычно можете использовать @ in перед именем функции.
, например
$store_filesize = @filesize($file->filepath);