Это всегда хорошая практика, чтобы отделить выполнение вашего приложения от конфигурации компьютера, на котором оно работает. В вашем случае первой задачей будет определить, где вы хотите хранить дополнительные библиотеки и файлы конфигурации, которые необходимы (вероятно, лучше всего связать их с вашим приложением). Как только это будет сделано, вы можете настроить свое приложение так, чтобы оно находилось при запуске:
Предполагая следующее дерево каталогов:
myapp
|
--lib (archives and shared libraries stored here)
|
--resources (configuration files go here)
Вы можете сделать:
java -Xbootclasspath/a:myapp/lib/comm.jar -cp "myapp/lib/*:myapp/resources" -Djava.library.path="myapp/lib"
Ваши файлы JAR и DLL будут помещаться в подпапку lib, а файл свойств - в подпапку ресурсов.