Небольшое исправление: это QMAKE_EXTRA_TARGETS, а не QT_EXTRA_TARGETS.
Что касается очистки: добавьте настраиваемую цель очистки в свой QMAKE_EXTRA_TARGETS:
libpara_clean.commands = cd libparanoia && make -f Makefile clean
Это не добавляет это в список CLEANзависимости;хотел бы знать, как это сделать.