Не лучшие решения, но для гибкости, мы реализовали это как набор perl-скриптов, которые извлекают данные и затем проводят сравнение файлов.
Большинство коммерческих баз данных имеют отличную утилиту массового копирования (bcp, sqlload и т. Д.), А Perl быстр со сравнением строк и для обработки больших файлов.