Скажем, у меня есть данные, касающиеся положения животных на 2d плоскости (как определено с помощью видеонаблюдения с камеры прямо над головой). Например, матрица с 15 строками (1 для каждого животного) и 2 столбцами (позиция x и позиция y)
animal.ids<-letters[1:15]
xpos<-runif(15) # x coordinates
ypos<-runif(15) # y coordinates
raw.data.t1<-data.frame(xpos, ypos)
rownames(raw.data.t1) = animal.ids
Я хочу рассчитать все попарные расстояния между животными. Таким образом, получите расстояние от животного a (строка 1) до животного в строке 2, row3 ... row15, а затем повторите этот шаг для всех рядов, избегая лишних вычислений расстояния. Выходное значение функции, которая делает это, будет средним для всех парных расстояний. Я должен уточнить, что я имею в виду простое линейное расстояние из формулы d <-sqrt (((x1-x2) ^ 2) + ((y1-y2) ^ 2)). Любая помощь будет принята с благодарностью. </p>
Кроме того, как это можно распространить на аналогичную матрицу с произвольно большим четным числом столбцов (каждые два столбца, представляющие положения x и y в данный момент времени). Цель здесь состоит в том, чтобы вычислить средние попарные расстояния для каждых двух столбцов и вывести таблицу с каждой временной точкой и соответствующим ей средним попарным расстоянием. Вот пример структуры данных с 3 временными точками:
xpos1<-runif(15)
ypos1<-runif(15)
xpos2<-runif(15)
ypos2<-runif(15)
xpos3<-runif(15)
ypos3<-runif(15)
pos.data<-cbind(xpos1, ypos1, xpos2, ypos2, xpos3, ypos3)
rownames(pos.data) = letters[1:15]