Это решение работает, даже если пользователь переходит на другую страницу (этот скрипт должен быть на каждой странице).
function showPopuptimer(){
$.fancybox({
overlayOpacity: 0.8,
overlayColor: '#000',
type: 'iframe',
width: 625,
height: 550,
overflow: 'auto',
padding: 0,
href: '<?php echo base_url(); ?>feedback'
});
}
if(!$.cookie("popuptimer") && $.cookie("olduser")){
//Cookie has expired since the last visit
showPopuptimer();
}else if($.cookie("popuptimer") && $.cookie("olduser")){
//Wait for the cookie to expire, then show the box
setTimeout(showPopuptimer,$.cookie("popuptimer"));
}else{
$.cookie("olduser",true);
$.cookie('popuptimer', 'timer', { expires: 2 * 60 * 1000 });
setTimeout(showPopuptimer,2 * 60 * 1000);
}