Вы можете создать файл .gitattributes
в корневом каталоге проекта (или отдельные файлы в соответствующих каталогах) следующим образом:
path/to/my/file merge=theirs
или для нескольких файлов, соответствующих шаблону:
path/to/dir/*.ext merge=theirs
Это скажет Git разрешить любые конфликты слияний, приняв входящую версию.