Я не думаю, что это имеет большое значение (на одном и том же оборудовании; но на самом деле GPGPU - это другое, и, возможно, более быстрое оборудование для такого рода проблем).Основная часть md5 представляет собой довольно сложный цикл сложных арифметических операций.Что важно, так это качество оптимизации компилятора.
И что также важно, так это то, как вы читаете файл.В Linux mmap и madvise и readahead могут иметь значение.Скорость диска, вероятно, является узким местом (используйте SSD, если можете).
И вы уверены, что хотите именно md5?Существуют более простые и быстрые алгоритмы хеширования (md4 и т. Д.).Тем не менее, ваша проблема больше связана с вводом / выводом, чем с процессором.