Учитывая сопоставимый уровень квалификации людей, разрабатывающих / эксплуатирующих сайт, сопоставимую инфраструктуру и достаточное время для разработки, чтобы оптимизировать систему в соответствии с возможностями этих людей, тогда да, это имеет большое значение.
Тем не менее, IME, самая большая разница между языками не в том, что их внутреннее исполнение, а:
уровень и доступность опытных разработчиков / администраторов
количество усилий, необходимых для достижения заданного конечного результата
Более низкие барьеры входа в программирование на PHP по сравнению с Java означают, что гораздо легче найти компетентного инженера-программиста, владеющего Java, по сравнению с одним специалистом в PHP, несмотря на то, что навыки PHP распространены гораздо шире утверждал.
OTOH, если вы посмотрите на метрики программного обеспечения, PHP почти всегда сталкивает Java с точки зрения LOC / производительности. И если вы не Google или Facebook, зарплаты намного дороже, чем аппаратные средства - если это медленно, купите больше инфраструктуры.
Не заводи меня на .net