Вы можете обновить несколько столбцов одним оператором, выполнив что-то вроде этого:
UPDATE table SET column1='', column2='', column3='' WHERE column1 IS NULL
HOWEVER Это будет обновляться только на основе предложения where.
Для того, что вы пытаетесь сделатьвам понадобятся отдельные операторы.
UPDATE table SET column1='' WHERE column1 IS NULL
UPDATE table SET column2='' WHERE column2 IS NULL
UPDATE table SET column3='' WHERE column3 IS NULL
РЕДАКТИРОВАТЬ Попробуйте это:
UPDATE table SET column1= IfNull(column1,''), column2= IfNull(column2,'') , column3= IfNull(column3,'')