Если вы все равно используете Github, мне интересно, почему бы не сохранить html и упомянутые css файлы и запустить их через конвертер html2pdf, скажем, как Пизанский конвертер .
Ся полагаю, немного доработав CSS, вы получите высококачественные хорошо отформатированные pdf-файлы, точно такие, как вы хотите.
В качестве альтернативы, вы можете хранить различия в txt-файлах и передавать их через библиотеки, содержащие html, чтобы сделатьподсветка синтаксиса, например Pygments и аналогичный процесс с Пизой, как описано выше.