Большинство различий будет связано с тем, что F # происходит от ML , а clojure - от lisp .
Таким образом, F # имеет больше ощущений ML / OCaml / Haskell с акцентом на:
- статическая типизация
- вывод типа
- сопоставление с образцом
В то время как у clojure больше похоже на Lisp с акцентом на:
- S-выражения
- макросы
- закрытие
Также, как отметил Брайан, F # - это язык .Net, а clojure - это язык JVM, поэтому у каждого будет доступ к обширному, но разному набору библиотек.