После добавления нового столбца идентификатора (пока не устанавливайте в качестве первичного ключа и не включайте автоинкремент) выполните:
SET @index = 1;
UPDATE tablename SET ID = (@index:=@index+1);
Устанавливает увеличивающееся значение идентификатора, начиная с 1на каждую из существующих строк, что решает проблему с дубликатом ключа, с которой вы столкнетесь, если попытаетесь вставить новый столбец первичного ключа после того, как данные уже введены.
Как только это будет сделано, вы можете установить столбец идентификатора какпервичный ключ с автоинкрементом.