Преобразуйте обе структуры SYSTEMTIME в FILETIME, используя
FILTETIME ft;
::SystemTimeToFileTime(&sysTime, &ft);
Конвертировать FILETIME в ULONGLONG используя:
ULARGE_INTEGER uli;
uli.LowPart = ft.dwLowDateTime ;
uli.HighPart= ft.dwHighDateTime;
ULONGLONG uft= uli.QuadPart;
Вычтите ULONGLONGs, чтобы получить разницу во времени в HectoNanoSec