У вас есть повторяющиеся строки, вы можете проверить это, удалив group by
и SUM(...
из вашего запроса.
Измените запрос следующим образом и скажите мне, если это решит проблему.
SELECT DISTINCT
cidades.id AS id,
cidades.name AS municipio,
SUM(conjuntos.n_uhs) AS uh,
programas.id AS programa,
conjuntos.name
FROM conjuntos
INNER JOIN conjuntos_programas ON conjuntos_programas.conjunto_id = conjuntos.id
INNER JOIN programas ON programas.id = conjuntos_programas.programa_id
INNER JOIN cidades ON conjuntos.cidade_id = cidades.id
WHERE conjuntos.situation_id = 2
GROUP BY conjuntos.cidade_id
ORDER BY municipio ASC