Полагаю, вам придется написать сценарий на любом языке, который вам больше нравится. Вы можете получить список таблиц в схеме из базы данных information_schema, а затем выполнить итерацию по ним, обрезая все, что вам нравится.
Запрос будет выглядеть примерно так:
SELECT table_name FROM information_schema.tables WHERE table_schema = 'test' AND table_name NOT IN ('table1', 'table2');
Редактировать : Вот пример использования Perl:
use strict;
use warnings;
use DBI;
my $dbh = DBI->connect("some_dsn");
my $sth = $dbh->prepare(q{SELECT table_name FROM information_schema.tables WHERE table_schema = 'test' AND table_name NOT IN ('table1', 'table2')});
$sth->execute();
$sth->bind_columns(\my $table_name);
while($sth->fetch) { $dbh->do(q{TRUNCATE TABLE } . $table_name) }