Вы несете ответственность за поддержание согласованности графов объектов. Если вы создаете дочерний элемент, ссылающийся на его родителя, вы также должны добавить этого дочернего элемента в коллекцию родительского элемента. Hibernate не сделает это за вас.
Однако нет причины вызывать слияние для родительского объекта: цель слияния состоит в том, чтобы скопировать состояние отсоединенного объекта в его присоединенную версию, и я не вижу, какое это имеет отношение к вашей проблеме.