Передайте его в качестве параметра запроса.
Например,
<td onclick="window.open('popup.jsp?name=<%= URLEncoder.encode(s.getName(), "UTF-8") %>', 'windowname')">
с входом popup.jsp
:
<%= request.getParameter("name") %>
Или, более чисто, с JSTL и EL :
<c:forEach items="${someList}" var="s">
<c:url value="popup.jsp" var="popupUrl">
<c:param name="name" value="${s.name}" />
</c:url>
<tr>
<td>${s.name}</td><td onclick="window.open('${popupUrl}', 'windowname')">${s.size}</td>
</tr>
</c:forEach>
с входом popup.jsp
${param.name}